潘玉春 || 金华猪群体内的基因组选择信号检测

金华猪在长期的自然和人工选择下表现出优良的生产性能，但其驯化进程的机理尚不清楚。选择信号是生物群体在选择进化的过程中，由于选择作用使得生物群体表型特征，并在基因组上留下印迹。因此，通过基因组测序检测驯化过程中在基因组上留下的选择信号，有助于解析不同品种（群体）的起源进化和重要经济性状形成机制。

近日，上海交通大学潘玉春、王起山教授的科研团队对金华猪群体全基因组发生的选择信号进行检测。利用202头金华猪的基因组测序数据，运用REHH (relative extended haplotype homozygosity) 方法进行基因组选择信号分析，并通过生物信息学分析揭示其候选基因的功能。研究结果以题为"Genome-wide detection of selective signatures in a Jinhua pigpopulation"发表在Journal of Integrative Agriculture (JIA) 2020年第5期。该研究得到国家科技攻关计划(2016C02054-2)国家自然科学基金(31872976)的资助。

结果共得到166661个SNP，检测到26161个核心区域，长度共有636.42 Mb，约占常染色体总基因组的28%。进一步筛选出1158个显著(P<0.01)的核心单体型作为选择信号区域。经过注释，这些显著的区域包含402个基因，一些候选基因与肉质、繁殖、免疫反应和体型等重要的经济性状有关，其中最极端P值(P<0.0001)区域对应的基因为ssc-mir-365-2、KDM8、RABEP2、GSG1L、RHEB和RPH3AL。基因功能富集结果表明，这些基因主要与代谢、发育和生物进程的调控等GO条目有关，显著的通路与代谢、生长和免疫相关。

研究结果为金华猪提供了全基因组选择信号图谱，可以为金华猪及其它中国地方猪的基因组进化和选择机制提供深入的了解。

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https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2095311919628339

Cite the article:

XU Zhong, SUN Hao, ZHANG Zhe, Zhao Qing-bo, Babatunde Shittu OLASEGE, Li Qiu-meng, Yue Yang, Ma Pei-pei, Zhang Xiang-zhe, Wang Qi-shan, Pan Yu-chun. 2020. Genome-wide detection of selective signatures in a Jinhua pig population. Journal of Integrative Agriculture, 19(5): 1314-1322.

团队简介

潘玉春教授 (左起第8) 研究团队

团队主要研究方向：一是统计基因组学与生物信息学；二是动物功能基因组学及其应用。团队首席先后主持、参加973、863、948、国家自然科学基金等各类课题30余项，发表文章130多篇 (其中40余篇为SCI/EI论文)，出版专著、译著、教材8部，获发明专利6项、软件著作权13项，获教育部科技进步二等奖1项、农业部中华科技二等奖1项、农业部科技进步三等奖1项、农牧渔业丰收三等奖1项以及第5届遗传学应用于家畜生产世界大会 (5th WCGALP) 颁发的"青年科学家奖 (Young Scientist Scholarship)"。此外，还组建了"华东种猪遗传评估中心"，开发了"中国地方猪品种登记网络平台"，参与了遗传资源保护、大量猪新品种/配套系的审定以及《全国生猪遗传改良计划》启动后的各种技术培训、核心场遴选与现场指导工作。

Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》，JIA) 是中国农业科学院与中国农学会联合主办、农业信息研究所承办的英文学术期刊。创刊于2002年，主编为中国农业科学院副院长万建民院士。2018年SCI影响因子1.337，位于科睿唯安JCR农业综合学科Q2区(18/56)。目前为月刊，全年12期，同时在Elsevier-ScienceDirect (SD)平台全刊OA出版。专注刊登作物学、园艺、植物保护、动物科学、动物医学、资源环境、食品科学、农业经济与管理等国际农业科学前沿热点领域的综述、研究论文、简报以及评述等。欢迎投稿：http://www.chinaagrisci.com欢迎免费下载：

http://www.sciencedirect.com/science/journal/20953119

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